La rentrée des classes a enfin lieu et Sasahara, jeune étudiant timide, se décide à intégrer une association. Le choix se révèle particulièrement ardu pour notre héros et finalement, celui-ci va rejoindre le Genshiken (“Gendai Shikaku Bunka Kenkyuu Kai”), un club où se retrouve de jeunes otakus. Sasahara, qui ne peut encore admettre qu’il en est un, va peu à peu découvrir le monde si particulier des otakus et trouver sa véritable place parmi ces jeunes passionnés de mangas et de jeux vidéos…